Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Ahmad Dahlan (FKM UAD) Yogyakarta merupakan salah satu diantara sebelas fakultas di UAD. UAD membuka beberapa program studi baru dan salah satu diantaranya adalah Program Studi Kesehatan Masyarakat di bawah Fakultas Kesehatan Masyarakat (FKM) berdasarkan surat izin no. 919/D/T/2003 tanggal 7 Mei 2003 dan diperbaharui no. 1727/D/T/K-VI- 2010. Seiring waktu pada tanggal 18 Desember 2018 berdiri Program Studi Magister Kesehatan Masyarakat dengan SK Kemenristek dikti nomor 1147/KPT/I/2018 dan pada tanggal 10 Januari 2020 berdiri Program Studi Gizi dengan SK Pendirian Kepmendikbud No. 51 Thn 2020.

Selama kurun waktu 14 tahun sejak 2003 sampai tahun 2020, FKM mengalami enam kali pergantian kepemimpinan, yaitu periode 2003-2004 dipimpin oleh Dr.Abdul Haris, M.Si. Kepimpinan berikutnya dilanjutkan pada periode 2004- 2008 dipimpin oleh Haryono, SKM., M.Kes., serta periode 2008-2012 dipimpin oleh Dra. R. Sitti Nur Djannah, M.Kes. Sesuai dengan restrukturasi yang terjadi di UAD, dekan dibantu oleh seorang wakil dekan, yaitu Rosyidah, S.E., M.Kes. Periode 2012-2017 dipimpin oleh Rosyidah, S.E., M.Kes dibantu wakil dekan Yuniar Wardani S.KM., M.Kes. Periode perpanjangan dekan 2017-2018 dipimpin oleh Pj. Dekan Lina Handayani, S.KM., M.Kes., Ph.D. dibantu wakil dekan Yuniar Wardani S.KM., M.Kes. Periode 2018-2022 FKM dipimpin oleh Dekan Lina Handayani, S.KM., M.Kes., Ph.D, dan dibantu oleh wakil dekan Solikhah, S.KM., M.Kes., Dr.PH.

Selanjutnya pejabat struktural di bawahnya meliputi Ketua Program Studi S1 Kesehatan Masyarakat yaitu, Muhammad Syamsu Hidayat, S.E., M.Sc., Ph.D, Ketua Program Studi Magister Kesmas Dr. R. Sitti Nur Djannah, M.Kes, dan Kaprodi Gizi Dr. Dyah Suryani, S.Si., M.Kes. Kepala Laboratorium dijabat oleh Musfirah, S.Si., M.Kes dan Erni Gustina, S.KM., M.PH.